Philippe Mauguin est le premier PDG de l'Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE).
Le conseil scientifique de l'établissement public de recherche est placé sous l'autorité de Philippe Gilet, précédemment président de celui de l'INRA, et son comité d'éthique est présidé par Axel Kahn. Philippe Mauguin occupait, jusque là, les fonctions de PDG de l'Institut national de la recherche agronomique.