Les entreprises du médicament s'inquiètent de l'impact négatif de la fiscalité pour les entreprises du secteur, particulièrement «le distributeur et le producteur-distributeur (les plus couramment implantés en France)». À l'appui de cette alerte aux pouvoirs publics, une étude relative à «la fiscalité du médicament en France et en Europe», réalisée à la demande de l'organisation professionnelle, par le «cabinet PwC Société d’Avocats». Il en ressort que «l'écart se creuse avec nos voisins européens», ce qui s'expliquerait notamment par le «gel de la trajectoire de la baisse de l’impôt sur les sociétés attendue et votée par la loi de finances (LF) pour 2018», la possible remise en cause du crédit impôt recherche, la perte d'attractivité de la «fiscalité des revenus de la propriété industrielle» qui s'amorce. Plus structurellement, regrette LEEM, «La France est à contre-courant: alors que le poids des taxes sectorielles diminue chez nos voisins européens, celui-ci a augmenté de 4 points en 2019 par rapport à 2016». Une tendance que compense modestement l'allègement de «la procédure et les droits dus lors des modifications d’autorisation de mise sur le marché des médicaments», ce d'autant que le «système de régulation des dépenses de l’assurance-maladie» est «particulièrement pénalisant et instable pour les entreprises du médicament».
L'organisation interpelle les pouvoirs publics sur l'urgence d'en venir à une «fiscalité simplifiée, source de croissance économique, créatrice d’emplois et accélérateur d’innovations». Concrètement, cela induit d'acter un «taux de 25% en 2022» pour l'impôt sur les sociétés, de sanctuariser le crédit d'impôt recherche, de déduire de la TVA les remises conventionnelles et légales verses par les entreprises du secteur.