L'assassinat de Samuel Paty par un terroriste islamiste suscite l'indignation des organisations syndicales, qui revendiquent leur attachement à la laïcité et à la République.
Force ouvrière et sa fédération de l'enseignement (FNEC-FO) annoncent leur participation au rassemblement à Paris, place de la République, en hommage à l'enseignant, et invitent leurs «adhérents à exprimer (…) leur engagement pour l’instruction publique, laïque, la défense sans faille des enseignants et personnels de l’Éducation nationale, et plus largement de l’ensemble des agents publics et leur détermination à défendre la liberté d’expression, intrinsèque à la liberté syndicale, la laïcité, la démocratie et la République».
La Confédération française et démocratique du travail, et ses fédérations de l'enseignement (SGEN-CFDT) et de la fonction publique (FEP-CFDT) appellent «(…) à la cohésion dont nous avons tous su faire preuve au plus fort de la menace terroriste. (…) à l’unité pour protéger la démocratie et les valeurs républicaines».
La Confédération française de l'encadrement (CFE-CGC) souligne de son côté: «L’école est un sanctuaire traversé par l’unique chemin menant à l’émancipation. La République laïque est fondée sur l’unicité et l’exigence de son enseignement. Pleurer, mais ne pas trembler, résister et ne rien céder à l’obscurantisme est le seul moyen de faire échec à l’assassin de Samuel Paty et ceux qui l’ont armé».
La Fédération syndicale unitaire «demande que tout le soutien nécessaire soit apporté aux personnels et au service public d’éducation», non sans rappeler son opposition à «toute instrumentalisation politique» et son attachement à «la nécessité d’apporter partout, pour tous, l’instruction, la raison, la réflexion et tout ce qui permet de construire l’autonomie de jugement». Le syndicat appelle à ses rassemblements le 18 octobre partout en France.
Pour l'Union syndicale Solidaires, «le fanatisme et l’obscurantisme prospèrent sur le terreau de la misère à laquelle notre système capitaliste n’apporte aucune réponse (…). Une fois de plus, certain.es instrumentalisent ces événements dramatiques pour faire des amalgames racistes inacceptables et stigmatisant contre l’ensemble des personnes musulmanes».
Du côté de l'Union fédérale des syndicats de l'État-CGT, «les personnels de la Fonction publique d’État font vivre au quotidien les valeurs de la République que sont la Liberté, l'Égalité et la Fraternité et Samuel Paty était animé par ces principes fondamentaux», et il est «important de préserver la liberté pédagogique des enseignants». Ce qui suppose toutefois «des politiques ambitieuses d’éducation», mais aussi et plus largement que «les services publics et la Fonction publique qui sont au service de l’intérêt général, de la solidarité et du vivre ensemble, doivent être largement développés. Les droits et garanties des agents (…) doivent être pleinement assurés». Le syndicat s'oppose très fortement aux positions des ministres de l'Éducation et de l'Intérieur.
D'autres syndicats de salariés ont également pris position, tels la CFTC, l'UNSA, la CFE Énergies, ou encore la FERC-CGT.