La Confédération paysanne considère que plutôt que de supprimer le HCB, les pouvoirs publics devraient clarifier des missions et améliorer sa transparence.
Selon La Conf’, qui avait décidé de le quitter entre 2016 et 2018, «depuis des années déjà, les associations et syndicats siégeant au HCB signalent les dysfonctionnements internes en termes de gouvernance et de transparence (…), la réduction progressive du périmètre d’expertise». Le syndicat professionnel agricole n’en juge pas moins inappropriée «l'adoption de la loi de programmation de la recherche (LPPR–NDLR) ce vendredi 20/11 qui acte la suppression du Haut Conseil (…) institué par la loi OGM de 2008» et la dispersion de ses «missions (…) vers l'ANSES* (Agence sanitaire de sécurité sanitaire), le CESE (conseil économique social et environnemental) et le CCNE (comité consultatif national d’éthique)».
Considérant que cette suppression vise à «empêcher toute évaluation coordonnée des enjeux liés aux OGM et limiter la capacité d'expression de la société civile», La Conf’ demande au Gouvernement «de poser dès maintenant les bases pour une instance d'évaluation des biotechnologies qui intègre la claire volonté des citoyens et de la société civile de garantir le droit de cultiver, de transformer et de manger sans OGM».