Les fédérations de l'enseignement et de la recherche de la CGT et de la CFDT soutiennent le Conseil national des universités et son rôle au service des enseignants chercheurs, notamment concernant leur qualification.
La fédération de la recherche CGT (CGT-Ferc) dénonce la mise en cause récurrente du CNU «de la part du ministère et de la CPU (Conférence des présidents d'université-NDLR)», au point que «le dialogue est rompu avec le ministère qui affiche (…) sa volonté de contourner l’instance et de ne pas lui donner les moyens de fonctionner correctement». Le syndicat de salariés a constamment incité l'organisme à ne pas «mettre en place la procédure dite de suivi de carrière», s'opposant à diverses mesures visant à limiter les qualifications et l'accès à l'emploi des enseignants chercheurs. Il continue à marquer son refus de la nouvelle loi de programmation de la recherche.
Le SGEN-CFDT manifeste également son soutien aux enseignants chercheurs par son opposition à un amendement à l'article 5 de la LPPR qui «modifie les modalités de recrutement des enseignants-chercheurs» et ce sans aucune «concertation syndicale». Pour l'organisation syndicale, «il ne paraît pas opportun de reporter le calendrier de travail des sessions de qualification» afin de ne pas laisser «dénigrer le Conseil national des universités», et faute de dialogue social, il s'agira de porter, lors de la «concertation» prévue par le ministre, la nécessité d'un «cadrage national» et d'une «évaluation par les pairs».